Το Τμήμα Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής του Πανεπιστημίου Μακεδονίας οργανώνει και λειτουργεί τρία Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ):

Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη Λογιστική και Χρηματοοικονομική (ΠΜΣ-ΛΟΧ) σύμφωνα με τις διατάξεις της υπ’ αριθ. 70628/Β7 απόφασης του ΥΠΕΠΘ (ΦΕΚ 1566Β/20.10.2004).
 Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη Στρατηγική Διοικητική Λογιστική και Στρατηγική Χρηματοοικονομική (ΠΜΣ-ΣΛΧ) σύμφωνα με τις διατάξεις της υπ’ αριθ 101624/Β7 απόφασης του ΥΠΕΠΘ (ΦΕΚ 2054Β/06.10.08).
Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη Εφαρμοσμένη Λογιστική και Ελεγκτική (ΠΜΣ-ΕΛΕ) σύμφωνα με τις διατάξεις της υπ’αρίθ.138883/Β7 απόφασης του ΥΠΕΠΘ (ΦΕΚ 646Β/08-04-2009).

Ο σκοπός των Προγραμμάτων Μεταπτυχιακών Σπουδών του Τμήματος Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής είναι η εξειδίκευση των πτυχιούχων του Τμήματος και των ομολόγων Τμημάτων ΑΕΙ και ΤΕΙ ημεδαπής και αλλοδαπής, ώστε να μπορούν να συμβάλουν στην προαγωγή των γνώσεων στα ευρύτερα γνωστικά αντικείμενα της Λογιστικής, της Εφαρμοσμένης Λογιστικής, της Ελεγκτικής και της Χρηματοοικονομικής δημιουργώντας στελέχη ικανά:
α) να δραστηριοποιηθούν επαγγελματικά στο χώρο των επιχειρήσεων, των συμβούλων επιχειρήσεων ή της δημόσιας διοίκησης,
β) να προωθήσουν την ανάπτυξη της έρευνας και των εφαρμογών στην πράξη στις αντίστοιχες περιοχές.

Είναι ευνόητο ότι στα ΠΜΣ, δημιουργείται η υποχρέωση σε όλους τους συντελεστές λειτουργίας του να πρυτανεύει το κριτήριο της ποιότητας σε κάθε μορφή δραστηριότητας. Συνεπώς, η ποιότητα και η συνεχής βελτίωσή του θα πρέπει να διακρίνει το πρόγραμμα σπουδών, δηλ. τα μαθήματα και τον τρόπο διδασκαλίας τους, τις σχέσεις των διδασκόντων με τους μεταπτυχιακούς φοιτητές, τις σχέσεις με τα άλλα Τμήματα και τις υπηρεσίες του Πανεπιστημίου, την γραμματειακή υποστήριξη και τις σχέσεις συνεργασίας για έρευνα και άλλες εκδηλώσεις με ιδιωτικές επιχειρήσεις αλλά και οργανισμούς του ευρύτερου δημόσιου τομέα.

Τα ΠΜΣ μπορούν να συνεργάζονται με αντίστοιχα μεταπτυχιακά προγράμματα αναγνωρισμένων ΑΕΙ, ερευνητικών ιδρυμάτων και επίσημων επαγγελματικών ινστιτούτων, ιδρυμάτων (ΣΟΕΛ, ACCA, κ.ο.κ.) της ημεδαπής ή/και της αλλοδαπής, τα οποία έχουν επαρκές επιστημονικό προσωπικό και διαθέτουν την αναγκαία υλικοτεχνική υποδομή. (Η Συντονιστική Επιτροπή των  ΠΜΣ διαμέσου της Γ.Σ. Ειδικής Σύνθεσης (ΓΣΕΣ) γνωστοποιεί στη Σύγκλητο την απόφαση μιας τέτοιας συνεργασίας).